Naučnike kod komete 3I/ATLAS zbunjuju nekoliko neobičnih karakteristika koje odstupaju od klasičnih osobina kometa u našem Sunčevom sistemu. Prvo, kometa poseduje izuzetno asimetričnu i stabilnu mlaznu emisiju gasa i prašine, koja je fokusirana duž jedne ose, ne šireći se kao kod uobičajenih kometa. Takođe, njen jezgro je vrlo jasno definisano, kompaktno i ne ponaša se kao rotirajući, ledeno-stenoviti miks kakav se očekuje kod prirodnih kometa.
Pored toga, uočena je velika senka ili tamna zona pored jezgra koja ostaje stabilna, što je neobično jer bi zbog rotacije objekta taj oblik trebalo da se menja. Spektroskopska analiza otkriva prisustvo neobičnih gasova poput ugljen-monoksida, karboksil sulfida, cijanida i čak tragova niklovog pare. Ove hemijske i fizičke osobine ukazuju da je 3I/ATLAS građena po fundamentalno drugačijem šablonu od poznatih kometa u Sunčevom sistemu.
Zbog svega ovoga, neki naučnici su razmatrali i spekulativne mogućnosti, uključujući teze da nije u potpunosti prirodan objekat, što je dodatno pojačalo pažnju i kontroverze u naučnoj zajednici.